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Jeudi 12 Octobre 2006

Un nouveau symptôme du chikungunya: le plagiat - LSZ

Le libre accés à une information disponible sur le net ne signifie pas pour autant que cette information soit libre de droit. Pourtant, qui n'a jamais été tenté de recopier une information glanée de-ci de-là sur la toile. C'est une pratique trés courante, allant du simple droit de citation à l'inspiration, l'imitation et parfois le plagiat.
Depuis plus d'un an maintenant, j'ai mis à disposition sur ce site, à travers un document de synthése sur le chikungunya, les résultats d'une lecture longue et trés approfondie des données de la littérature sur le sujet. Ce document comporte un certain nombre d'informations générales que l'on peut retrouver un peu partout, mais aussi pour certaines assez originales. Il a suscité l'interêt et souvent les louanges de trés nombreux lecteurs, parmis lesquels des scientifiques ou médecins du monde entier, qui m'en ont fait part par email. Il a aussi "inspiré" un certain nombre de site web, voire d'auteurs, qui ont souvent oublié de citer la source originale. Certains n'ont pas hésité à recopier entièrement ou partiellement des extraits de ce document, feignant (le mot me semble trés approprié) d'en être l'auteur.
Ce jour, en lisant le numéro du mois de septembre d'une revue spécialisée, je découvre un article sur le chikungunya rédigé par des confrères réunionnais, qui me laisse un sentiment de déjà vu. Pas de doute, ce sont bien des phrases entiéres de mon document qui sont reprises dans le corps de cet article, mais sans le citer. Je pourrais en être flatté, pourtant j'ai bien du mal à comprendre comment on peut ainsi s'approprier le travail d'autrui en le faisant passer pour sien, qui plus est dans une publication à caractére scientifique. Je me pose aussi la question de savoir si ces auteurs ont pris autant de soin à vérifier la qualité de ces informations "copiées-collées", qu'ils en ont eu à se les approprier ?
J'ai adressé un petit mot à l'un des auteurs et attend sa réponse.
Il n'y a peut-être pas de quoi fouetter un chat, qu'en pensez-vous ?

Maj 15 Octobre: L'information est reprise sur Global Voices Online
Reunion: Chikungunya Plagiarism

Commentaire

Samedi 5 Août 2006

La diffamation lé en l'air - LSZ

Vous avez peut-être entendu parler de l'affaire http://www.monputeaux.com/, le blog d'un habitant de Puteaux poursuivi pour diffamation pour avoir commenté sur son site un article paru dans le Parisien, mettant en cause la mairie dans une affaire d'attribution de marché public. Relaxé aprés deux années de procédures, le blogueur qui a su s'attirer la sympathie et le soutien d'une grande partie de la blogosphére francophone, n'en a pas pour autant fini avec cette histoire et doit encore faire face à un pourvoi en Cassation.
Combien de temps faudra-t-il avant qu'un "blog péi" trop (ou pas assez) bien renseigné ne connaisse lui aussi son heure de gloire ? N' y aurait-il pas déjà quelques candidats à vouloir décrocher une médaille en chocolat ?

Maj 11 Août: C'est fait ...
J'eu préféré être moins inspiré. Pourtant, il se sera écoulé moins d'une semaine entre ce billet et celui-ci pour pouvoir juger de l'acuité particuliére de mon talent divinatoire. Fâcheuse perspective que cette plainte pour diffamation dans la blogosphére réunionnaise ...

Dimanche 16 Juillet 2006

Journée internationale de la procrastination - LSZ

C'est aujourd'hui la journée internationale de la procrastination.
J'avais pensé faire un bel article sur la procrastination, mais aujourd'hui c'est dimanche, pas un bon jour pour faire un article informatif sur le sujet. On verra demain ...

Maj 17 juillet: Vous pensiez réellement que j'allais compléter cet article aujourd'hui ?
Bon, OK, alors la procrastination, c'est ... ,
et si vous me disiez ce que vous en pensez ?

Commentaire

Jeudi 15 Juin 2006

Chikungunya: le décollage se confirme - LSZ

En juin 2004, une épidémie d'une maladie aigue fébrile, initialement diagnostiquée comme étant un paludisme, sévissait dans l'île de Lamu au Kenya. Devant l'inefficacité des traitements antipaludéens, des prélévements sanguins furent envoyés au laboratoire de l'USAMRU-K / KEMRI qui identifia une infection par un alphavirus endémique en Afrique tropicale, le chikungunya. L'épidémie était caractérisée par un fort taux d'attaque (= nombre de malades/nombre de personnes exposées); les études de séroprévalence ont montré une exposition de 75 % de la population, permettant d'estimer que cette épidémie a affecté environ 13500 personnes (source ICEID mars 2006). Cette épidémie a continué d'évoluer le long de la côte est-africaine, atteignant Mombasa (Kenya) en novembre 2004, puis la Somalie: région du Bénadir (Mogadiscio en février 2005), région du Bas Shabelle (Bosaso en mai 2005), Somaliland (Eldere en juin 2005) (source SACB). La Grande Comore fut affectée dés le début du mois de janvier 2005. Une épidémie de dengue fut initialement suspectée, mais les prélévements envoyés sur requête de l'OMS dans le même laboratoire kenyan montrérent qu'il s'agissait là aussi du virus chikungunya. Comme dans l'épidémie kenyane, le taux d'attaque était trés élevé. L'épidémie s'interromput en mai 2005, ne semblant pas avoir atteint les îles d'Anjouan et de Mohélie. Les études de seroprévalence ont montré un taux d'exposition au virus chikungunya de 63 %, ce qui permet d'estimer le nombre de malades affectés par cette épidémie à environ 215000 cas (officiellement, 5409 cas ont été recensés) (source ICEID mars 2006). Les études éco-climatiques ont montré que les grandes épidémies de chikungunya de Lamu, Mombasa et des Comores étaient survenues aprés de longs mois de chaleur et de sécheresse inhabituelles le long des côtes kenyanes, conditions dont les experts pensent qu'elles ont pu favoriser le réémergence du virus chikungunya. Par ailleurs, les analyses préliminaires du génome virale retrouvent une certaine homologie entre les souches virales provenant des épidémies du Kenya et des Comores, suggérant une diffusion progressive du virus depuis les côtes africaines (source ICEID mars 2006).
En mars 2005, plusieurs autres îles de l'océan indien sont affectées: Mayotte, la Réunion, Maurice, les Seychelles. A la Réunion, l'épidémie ne s'est jamais interrompue depuis le mois de mars 2005, ce qui à défaut d'en faire la plus importante en fait l'une des plus longues épidémies de chikungunya jamais décrites .
Depuis novembre 2005, une importante épidémie de chikungunya est rapportée en Inde, avec prés de 500000 cas suspectés à la date du 15 juin 2006 (*), confirmant la ré-émergence du virus dans le sous-continent indien qui n'avait plus connu d'épidémie de chikungunya depuis 1971 (source: Indian Journal of Medical Microbiology, avril 2006). L'Andhra Pradesh a été le premier état affecté dés le mois de novembre 2005. C'est aussi le plus durement touché. A partir de février-mars 2006, plusieurs autres états du sud de l'Inde (Karnataka, Maharashtra, Orissa) ont été affectés. En mai 2006, la chikungunya atteint l'état du Tamil Nadu, et la ville de Chennai (ex Madras, 4 millions d'habitants) est touchée dés le début du mois de Juin
Dés janvier 2006, quelques cas de dengue et de chikungunya sont signalés à Madagascar, dans la région de Tamatave: peu d'informations sont disponibles, mais plusieurs voyageurs font état d'une importante épidémie.
A partir de mars 2006, les Comores signalent la réapparition de quelques cas dans les îles d'Anjouan et Mohélie. Mayotte signale également une reprise de l'épidémie.
Il semblerait que la fiévre chikungunya ait acquis une dimension quasi pandémique avec plus d'un million d'habitants affectés au cours des 24 derniers mois dans une large zone géographique englobant les côtes equatoriales est-africaines, le bassin océan indien et la moitié sud de la péninsule indienne.

(*) The Hindu, 15 mars 2006: The disease, caused mainly by mosquitoes, had spread from Andhra Pradesh, Karnataka and Maharashtra, where more than five lakh people were affected in the last one year. (La maladie, provoquée principalement par les moustiques, s'était répandu à partir des états de l'Andhra Pradesh, Karnataka et Maharashtra, où plus de 500000 personnes ont été affectées au cours de la derniére année. (Note: 1 lakh = 100000 dans la numération traditionnelle indienne)) [Lire]

Mardi 23 Mai 2006

Epidémiologie moléculaire du virus chikungunya dans l'Océan Indien - LSZ

Les scientifiques de l'Institut Pasteur viennent de publier sous license libre des travaux préliminaires sur le séquençage de différentes souches du virus chikungunya isolés dans l'Océan Indien (1).
"Les scientifiques qui ont réalisé cette étude voulaient déterminer les séquences génomiques des virus impliqués dans l'actuelle épidémie. Ils espéraient d'une part expliquer comment l'actuelle épidémie a débuté, pourquoi elle a affecté beaucoup plus de personnes que lors de précédentes épidémies (2), et d'autre part décrire comment le virus s'est modifié durant cette épidémie".

Arbre phylogénétique du virus chikungunya

Arbre phylogénétique du chikungunya - PLoS Med
Etude de l'Institut Pasteur (Juin 2006):
L'Institut Pasteur a réalisé le séquençage génomique complet de 6 isolats de virus chikungunya provenant de différents lieux (5 Réunion, 1 seychelles) et de différentes périodes (3 début 2005, 3 courant 2005). Le gêne codant la protéine d'enveloppe E1 (3) a aussi été sequencé à partir de prélévements de 127 patients infectés à la Réunion, aux Seychelles, à Madagascar, à Mayotte et à l'île Maurice. Les résultats montrent que l'épidémie a pour origine une souche virale génétiquement proche des souches est-africaines, qui secondairement a donné plusieurs variants (mutation). Toutes les souches isolées dans l'Océan Indien présentent des variations de leurs séquences nucléotidiques par rapport à la souche Tanzanienne de 1952 (souche Ross S27). La plupart de ces variations étaient présentes depuis le début de l'épidémie, mais certaines d'entre elles sont apparues en cours d'épidémie, avant que cette derniére ne connaisse une croissance trés forte. Un exemple est fourni par la variation du nucléotide codant l'acide aminé présent à la position 226 de la protéine d'enveloppe E1, résultant en une substitution de l'acide aminé Alanine (Ala) par Valine (Val) (mutation A226V). Toutes les souches de début d'épidémie avaient le version Ala (génotype 1 E1-226A) tandis que fin 2005, plus de 90 % avaient la version Val (génotype 2, 3 et 4 E1-226V). Cette mutation pourrait avoir pour conséquence que le virus perde sa dépendance au cholesterol pour infecter les cellules hôtes du moustique (mutant cholesterol-indépendant). Ce changement E1-226V, devenu prédominant à partir de septembre 2005 , aurait conduit à l'émergence d'un virus mieux adapté au moustique, ce qui pourrait expliquer alors l'explosion de l'épidémie début 2006.
Les chercheurs ont aussi identifié 3 changements dans les protéines non structurales nsP1 (T301I), nsP2 (Y642N), et nsP3 (deletion E460) qui étaient présents dans un isolat viral provenant d'un cas d'encéphalopathie néonatale mais étaient absents dans les autres formes classiques de la maladie. Des travaux complémentaires sont en cours pour déterminer si ces changements ont pu contribuer au tropisme neurologique de cette souche.

Genome Microevolution of Chikungunya Viruses Causing the Indian Ocean Outbreak [Lire]


Cette étude confirme et compléte les travaux présentés il y a 2 mois lors de la 5ème Conférence Internationale sur les Maladies Infectieuses Emergentes (Atlanta, Mars 2006), concernant les données entomologiques (4), épidémiologiques (5) (6), écoclimatiques (7) et de biologie moléculaire (8) collectées par le CDC lors de l'épidémie comorienne de début 2005, et de celle qui l'a précédé en Afrique de l'Est six mois plus tôt.
Il est surprenant qu'aucune référence ne soit faite à ces travaux dans l'étude présentée par l'Institut Pasteur.
Il serait intéressant de savoir si les caractéristiques génotypiques retrouvées dans les différents souches isolées à la Réunion ont été retrouvées dans les souches comoriennes et kenyanes.

  1. Genome Microevolution of Chikungunya Viruses Causing the Indian Ocean Outbreak
  2. Celà est discutable [Voir épidémie survenue à Madras en 1964]
  3. La chikungunya: epidémiologie - physiopathologie: Le virus: structure virale
  4. Epidemic Chikungunya Virus in the Union of Comoros, 2005: Entomologic Investigations: R. Sang & coll - ICEID, Mars 2006
    From January to April, 2005, an epidemic of chikungunya virus (CHIKV) occurred on the island of Grand Comores (Ngazidja) in the Union of Comoros. Entomological studies were undertaken during the peak of the outbreak, from March 11th to March 31st , aimed at identifying the primary vector(s) involved in transmission so that appropriate public health measures could be implemented.
  5. RAPID Re-emergence of Chikungunya Virus in East Africa: R. Breiman & coll - ICEID, Mars 2006
    Since June 2004, epidemics of illness due to Chikungunya virus (CHIKV) have been reported from multiple locations in east Africa, including Kenya (Lamu beginning in June 2004 and Mombasa in November 2004), Comoros Islands (beginning in January 2005), Seychelles (March 2005), Mauritius, and other islands in the Indian Ocean.
  6. Outbreak of Chikungunya in Lamu, Kenya, 2004: S. Bedno & coll - ICEID, Mars 2006
    In August 2004, an outbreak of an acute febrile illness, initially thought to be malaria, was reported in Lamu, Kenya. Most had been treated with anti-malarial medications with little or no improvement. It was then suspected that another etiology may be the cause. Chikungunya virus (CHIK) infection was demonstrated by IgM antibodies to alphaviruses, polymerase chain reaction (PCR) with CHIK primers and isolation of CHIK in tissue culture at the Kenya Medical Research Institute Arbovirology Viral Hemorrhagic Fever Laboratory.
  7. Eco-Climatic Precursors to Large Chikungunya Outbreaks in Kenya and Comoros, 2004-2005: J. Chretien & coll - ICEID, Mars 2006
    Large CHIK epidemics in Lamu, Mombasa, and Comoros followed several months of unusually warm and dry conditions along the Kenyan Indian Ocean coast. We hypothesize that persistence of such conditions may favor CHIK transmission in some cases through decreased extrinsic incubation period, increased vector contact with people, or other factors. The lack of reported CHIK outbreaks in Kenya following heavy 1997-8 ENSO rains, which preceded Rift Valley Fever and other epidemics, is consistent with this hypothesis.
  8. Molecular Analysis of Chikungunya Virus Strains From the Kenya and Comoros Island Outbreaks: K. M. Njenga & coll - ICEID, Mars 2006
    These preliminary results indicate a high level of genetic homology between CHIK viral strains involved in the two outbreaks, suggesting progressive spread of the virus. Complete genome sequence comparison of Lamu and Comoros strains is in progress.

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